5.4.1 Estructuración definicional ontológica

En el módulo ontológico Ontology Editor, de extensión *.ont, la definición de cada uno de los conceptos pertenecientes a la categoría drug, responde a la enumeración de las relaciones entre los conceptos que por defecto se encuentran más próximos al concepto a definir dentro de la jerarquía ontológica existente.

Así por ejemplo, la definición ontológica del concepto busulfan, agente antineoplásico, sería la siguiente:

(65)
BUSULFAN
      IS-A: ALKYLATING (IS-A: ANTICANCER DRUG)
            HAS-ACRONYM: BU
            HAS-SIDE-EFFECT: AMENORRHEA; HAVE-NEOPLASM; PULMONARY FIBROSIS
            HAS-TRADENAME: MYLERAN
            OBJECT-NAME: BUSULFAN
            PRODUCT-TYPE-OF: LABORATORY-PHARMACEUTICAL
            USED-IN: CHEMOTHERAPY
            USED-IN-THE-TREATMENT-OF: CHRONIC MYELOGENOUS LEUKEMIA

ATTRIBUTEs
      STATE-OF-MATTER (LITERAL-MEDICAL-MATERIAL-ATTRIBUTE): liquid
      TOXICITY (SCALAR-OBJECT-ATTRIBUTE): 2
      WAY-OF-ADMINISTRATION (LITERAL-PHYSICAL-OBJECT-ATTRIBUTE): oral

La definición ontológica del concepto cap, un agente antineoplásico de combinación, sería la siguiente:

(66)
CAP
      IS-A: ANTICANCER DRUG
            HAS-SIDE-EFFECT: AMENORRHEA; HAVE-NEOPLASM; MUCOSITIS
            MADE-OF: CYCLOPHOSPHAMIDE; DOXORUBICIN; CISPLATIN
            PRODUCT-TYPE-OF: HEALTH-CARE-ORGANIZATION
            USED-IN: CHEMOTHERAPY
            USED-IN-THE-TREATMENT-OF: SMALL-CELL-LUNG-CANCER

ATTRIBUTEs
      STATE-OF-MATTER (LITERAL-MEDICAL-MATERIAL-ATTRIBUTE): liquid
      TOXICITY (SCALAR-OBJECT-ATTRIBUTE): 4
      WAY-OF-ADMINISTRATION (LITERAL-PHYSICAL-OBJECT-ATTRIBUTE): oral/iv

Tanto en el caso de busulfan como en el de cap, las relaciones arriba indicadas pertenecen a relaciones propias del concepto y suponen casi la totalidad de las relaciones que se establecen entre los conceptos más cercanos, dentro del mismo dominio biomédico: disease-event, treatment, leukemia o laboratory-pharmaceutical. Nos hemos referido a la casi totalidad de las relaciones ya que para llegar a conceptos como el de oncologist, por ejemplo, serían necesarias dos relaciones, al menos, en el estado actual de la estructura relacional:

(67)
BUSULFAN [HAS-SIDE-EFFECT] HAVE-NEOPLASM [TREATED-BY] ONCOLOGIST

Otra rutina posible, sería a través de quimioterapia:

(68)
BUSULFAN [HAS-TREATMENT] CHEMOTHERAPY [AGENT] ONCOLOGIST

Aunque ni oncologist ni patient estén en la estructura base, podemos considerarlos como pertenecientes al mismo dominio, ya que tan solo los separa de busulfan un concepto autónomo o, lo que es lo mismo, dos relaciones.

Por el contrario, existen otras relaciones y, por lo tanto conceptos, que si bien desde el punto de vista del potencial que ofrece la aplicación, podrían formar parte de la estructura ontológica base, constituyen una serie de datos poco relevantes en la gran mayoría de los casos. En efecto, si hacemos explícitas todas las relaciones heredadas, conseguiríamos un listado innecesario de las mismas, con una conexión bastante remota. Por ejemplo, entre object y busulfan hay seis conceptos y siete relaciones. Nos referimos a relaciones como owned-by, location o measured-by y atributos que delimitan color y tamaño, heredados de conceptos bastante distantes en la jerarquía global, como son physical-object o material.

A pesar de la limitación establecida en torno al número de relaciones presentes en la estructura definicional ontológica, según la cercanía en la jerarquía global, la definición en el caso de drug es una serie de ocho relaciones y de tres atributos. La definición, así, se formaliza mediante proposiciones segmentables y por lo tanto procesables desde el punto de vista informático.

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